基礎控除額、配偶者控除額、扶養控除額、生命保険料控除額等は、所得税と市民税・府民税とでは違うようですが、これはなぜですか。

所得税と市民税・府民税は同じ所得に対する課税ではありますが、市民税・府民税は公共サービスのために使われる税金であり、その負担は広い範囲の住民にしていただくべきという考え方に基づいています。

したがって、設問の諸控除については、所得税と異なる金額となっています。詳細につきましては「市民税・府民税の計算について」のページをご参照下さい。